Yawgmoth nace en Dominaria, durante el último siglo del Imperio Thran, en una época de conflictos entre la élite imperialista y el populacho republicano. Debido a su fascinación con el cuerpo humano y su manera de verlo como una máquina asombrosa, se convierte en un eugenista del lado republicano. Desafortunadamente para él, el bando republicano pierde la carrera por el poder y todos sus seguidores, incluidos los eugenistas, son exiliados.
Es descrito como un humano alto, musculoso, con cabello oscuro y espeso (Yawgmoth, Thran Physician). Durante su exilio, Yawgmoth recorre el plano visitando múltiples civilizaciones en su despiadada búsqueda de conocimiento, cometiendo monstruosas atrocidades entre las que se encuentran: Lanzar la peste de tos negra sobre el imperio enano de Jamuraa, desatar una plaga virulenta contra los elfos de Argoth, infectar a los minotauros de Talruum con la muerte blanca, contagiar con rabia a los líderes de las naciones felinas para que se asesinaran entre ellos, envenenar las tribus bárbaras de Gulatto Meisha y viviseccionar al Bey, el rey guerrero Viashino de Shiv (Viashino Bey). Además de la curiosidad por el comportamiento de plagas y enfermedades, es posible que el deseo de poder y un interés perverso por el dolor también hiciera parte de sus motivaciones.
Después de cinco años en el exilio, una emergencia médica sacude la capital del imperio Thran, Halcyon. Glacian (Glacian, Powerstone Engineer), el principal artífice y genio tecnológico del Imperio Thran, después de ser apuñalado con una piedra de poder, contrae una extraña enfermedad inmune a la magia curativa Thran. Sin otra opción a la que acudir en busca de ayuda e ignorante de las inhumanas acciones, la esposa de Glacian, Rebbec (Rebbec, Architect of Ascension), utiliza su influencia como arquitecta en jefe del imperio para llamar de vuelta a Yawgmoth, con la esperanza de que su experiencia en eugenesia pueda encontrar una cura.
La experticia médica de Yawgmoth no tarda en dar sus frutos. Descubre rápidamente que la enfermedad de Glacian, a la que llama tisis (Phthisis), es causada por una extensa exposición a la radiación de la piedra de poder, la principal fuente de energía que impulsa la avanzada tecnología Thran.
Al poseer una resistencia innata a la enfermedad, la élite del imperio responde al diagnóstico con escepticismo. En particular, el propio Glacian se niega a confiar en Yawgmoth. Entre tanto, la tisis se extiende a pasos agigantados entre el resto de la población, especialmente entre la clase más baja, los llamados “intocables”, apiñados habitantes de las cuevas bajo la ciudad. Poco a poco la indignación contra la clase dominante crece y los disturbios no se hacen esperar. Yawgmoth aprovecha el caos para expandir su influencia a través de hábiles maniobras políticas.
Yawgmoth manipula a los ancianos de Halcyon para obtener mayores fondos y aprendices para estudiar la enfermedad, el curandero Xod lo incita a usar metales para crear un suero contra la tisis, así logra sofocar la rebelión de los intocables al brindarles un suero experimental. Por sus acciones y conocimiento, es nombrado como miembro del consejo de Halcyon y se le permite legislar sobre la salud pública.
Yawgmoth, con la intención de eliminar a sus rivales políticos, infecta a sus detractores para enviarlos a las cuevas bajo la ciudad, al mismo tiempo que que Intocables sanos regresaran a Halcyon. Durante este tiempo, Rebbec y Yawgmoth se enamoran, aunque ninguno de ellos se atreve a actuar al respecto. Alegando falta de recursos, Yawgmoth diluye el suero que usa en los intocables, desencadenando nuevos brotes de violencia. Usando tales episodios como excusa para retomar el orden, Yawgmoth se hace con el control de la guardia de la ciudad.
Cuando la caminante de planos Thran, Dyfed, visita a Glacian -queriendo conocer al genio y aprender sobre su propia chispa- Yawgmoth irrumpe en la reunión y logra convencer a Dyfed de que lo ayude. Dyfed toma la misión de encontrar un plano donde Yawgmoth pudiera construir el paraíso.
Después de sofocar una nueva rebelión, Halcyon celebra un gran festival en honor a Yawgmoth al que un variado grupo de delegados aparece poco antes de comenzar. Representantes de las veinticinco naciones en las que Yawgmoth experimentó durante su exilio entregan su ultimátum: La cabeza de Yawgmoth o la guerra. El consejo Thran vota si garantizar la seguridad de Yawgmoth o entregarlo a los delegados. Tras una cerrada votación la decisión recae en las manos de los últimos dos miembros del consejo; Yawgmoth y Rebbec, votando ambos a favor. Inmediatamente después, Yawgmoth usa su influencia sobre la guardia de la ciudad para derrocar al consejo y encarcelar a los delegados.
Dyfed, sin saberlo, le entrega a Yawgmoth la que se convertiría en su mayor arma al construir un portal rumbo al plano artificial de Phyrexia, un insondable lugar habitado por criaturas mecánicas y biomecánicas, en el que el eugenista pretende construir su paraíso. Yawgmoth se ata al núcleo del plano, tornándose en un dios mientras permanezca allí. Los pacientes con tisis son trasladados a Phyrexia, donde se les implantan piedras de poder vacías que drenan su enfermedad. Los pacientes comienzan lentamente a evolucionar, haciéndose más agresivos, fuertes y rápidos. Para mantener el portal abierto, Yawgmoth drena la energía vital de Glacian a través de una piedra de poder implantada en su cuerpo.
Las primeras etapas de la guerra terminan a favor de la, ahora conocida como, Alianza Thran. Todo esto cambia durante la batalla del desfiladero Megheddon, donde la guardia personal de Yawgmoth, mutados en Phyrexia, destrozan salvajemente las fuerzas de la Alianza, donde solo las criaturas artefactos pueden resistir su ataque. Yawgmoth se apodera de la esfera nula usándola para poner a todas las criaturas artefactos en contra de sus amos y termina la batalla con un bombardeo que destruye por completo el desfiladero (Fall of the Thran).
Incluso cuando Dyfed se pone en su contra, Yawgmoth no se rinde. Mientras él se regodea de sus creaciones, ella se queda atónita ante el horror en el que se ha convertido Phyrexia. Yawgmoth la apuñala en la cabeza con una daga hecha de piedra de poder dejándola inconsciente y ordena a sus secuaces su vivisección, con la esperanza de encontrar un órgano que al trasplantarlo así mismo le permita caminar entre planos. Sin embargo, Rebbec encuentra la sala de tortura, mata a los secuaces y, por piedad, asiste la muerte de Dyfed.
El plan maestro de Yawgmoth consiste en usar la esfera nula para proteger a Halcyon y sus fuerzas mientras bombardea a la alianza. Sin embargo, los operadores de la esfera se rebelan y sacrifican sus vidas para poner la esfera en órbita, transformándola en la luna nula. Al detonar la súper arma, sin la esfera nula para drenar el exceso de mana, los partidarios de Yawgmoth se ven obligados a huir a través del portal a Phyrexia
Yawgmoth planea permanecer en Phyrexia solo hasta que la nube de muerte se disipe para emerger nuevamente con todo su poder. Rebbec no está dispuesta a darle tal oportunidad, sellando el portal usando la piedra de poder que Yawgmoth había plantado en su esposo, de esta forma exiliando a Yawgmoth y sus seguidores por toda la eternidad (Phyrexian Scriptures).
… o al menos eso esperaba.
